CompLS - Runde 5 - Verbundprojekt: NetMap - Dimensionalitätsreduktion für molekulare Daten auf der Grundlage der Erklärungskraft differentieller regulatorischer Netzwerke - TP B

Abstract

Standard bei der Analyse von Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten ist es, zunächst niedrigdimensionale Repräsentationen auf unüberwachte Weise zu berechnen (Hauptkomponentenanalys, UMAP oder t-SNE) und dann die Daten im niedrigdimensionalen Raum weiter zu analysieren. Die so erhaltenen niedrigdimensionale Repräsentationen sind jedoch keineswegs kanonisch, was ihre Verwendung für nachgelagerte Analysen problematisch macht. Um dieses Problem zu lösen, haben wir einen völlig neuartigen Ansatz entwickeln, der Dimensionalitätsreduktion mit der Identifizierung von genregulatorischen Netzwerken verbindet, die die Expressionsprofile der Zellen systembiologisch erklären. Die durch unsere Methoden aufgedeckten regulatorischen Mechanismen der CD4-T-Zell-Differenzierung und entsprechende therapeutische Zielmoleküle werden in Gain- oder Loss-of-Function-Studien validiert.