DSR-WEB: Intuitives Web Tool für Dataset Restriction

Abstract

Das Vorhaben DSR-WEB wurde im Rahmen des BMFTR-Förderprogramms "DataXperiment" gefördert (Förderkennzeichen: 01KD2423). Ziel des Projekts war die Entwicklung einer webbasierten, intuitiv nutzbaren Anwendung zur Umsetzung der statistischen Methode dataset restriction für Fragestellungen der biomarkerbasierten In-vitro-Diagnostik (IVD).

Dataset restriction identifiziert jene Wertebereiche eines Biomarkers, in denen sich Patientengruppen trotz hoher biologischer Variabilität am stärksten unterscheiden. Dadurch werden diagnostisch relevante, aber in konventionellen ROC-Analysen oft übersehene Informationsanteile sichtbar. Die Methode wurde zuvor erfolgreich in der Onkologie eingesetzt - etwa zur Identifikation einer Prädisposition für therapieinduzierte Hepatitis bei MelanompatientInnen - und auf weiteren Datentypen wie Genexpressions-, Proteinexpressions- und Mikrobiomdaten erfolgreich genutzt.

Im Projekt wurde eine benutzerfreundliche Weboberfläche entwickelt, die diese Methode auch NutzerInnen ohne vertiefte Statistik- oder R-Kenntnisse zugänglich macht. Die Implementierung basiert auf dem R-Paket shiny und bietet eine geführte Analyse, anschauliche Visualisierungen (u. a. ROC-Kurven) sowie reproduzierbare Exports. Mit DSR-WEB steht damit ein transparentes und praxisnahes Werkzeug zur Verfügung, das die Identifikation robuster diagnostischer Marker in heterogenen Patientenkollektiven unterstützt und moderne Biomarkeranalysen erleichtert.